Oligo dT磁珠:多功能核酸捕獲工
應用場(chǎng)景一:mRNA純化
mRNA是一類(lèi)攜帶遺傳信息且能指導蛋白質(zhì)合成的單鏈核糖核酸,滿(mǎn)足合成各種蛋白質(zhì)的所有遺傳信息的要求。許多研究發(fā)現,mRNA可作為許多疾病診斷的工具,包括腫瘤、胃腸道疾病、心血管疾病、關(guān)節炎、中樞神經(jīng)系統疾病等。
mRNA序列由5個(gè)關(guān)鍵結構元件組成:5'帽結構(Cap)、5'非翻譯區(UTR)、編碼區(CDS)、3'非翻譯區(UTR)和poly(A)尾巴。(圖1)
圖1.mRNA結構示意圖
Oligo dT磁珠是最常用的mRNA捕獲載體之一,其表面的oligo dT與真核生物mRNA的poly A尾互補配對,能夠快速高效地從總RNA、細胞裂解物或帶有poly A尾的體外轉錄RNA樣本中分離純化mRNA,下游應用于PCR檢測和建庫測序。
圖2.mRNA的qPCR或建庫測序檢測流程圖
應用場(chǎng)景二:核酸探針捕獲
Oligo dT磁珠的另一類(lèi)廣泛應用,即固定poly(A)標記的核酸探針,進(jìn)行目標序列核酸捕獲,下游應用于qPCR檢測。
圖3.目標核酸的qPCR檢測流程圖
核酸探針和磁珠固定的方法有共價(jià)、親和作用、堿基互補配對、離子或偶極作用等方式,根據用于場(chǎng)景不同各有優(yōu)缺點(diǎn)。目前也有一些分子診斷試劑開(kāi)發(fā)企業(yè)選擇oligo dT磁珠作為核酸探針固定的載體。
表1. 磁珠表面核酸探針固定的技術(shù)之間的比較
Oligo dT-poly A 堿基互補配對系統 | SA-biotin 親和系統 | 共價(jià)固定系統 | |
探針修飾 | Poly A | 生物素 | NH2 |
磁珠 | Oligo dT磁珠 | SA磁珠 | 羧基磁珠 |
優(yōu)點(diǎn) | 技術(shù)門(mén)檻低 特異性高 穩定性好 | 技術(shù)門(mén)檻低 反應速度快 | 非特異吸附少 成本低
|
缺點(diǎn) | 成本略高 探針需要poly A標記 | 成本略高 探針需要生物素標記 | 技術(shù)門(mén)檻高 |
一些分子診斷技術(shù)是利用oligo dT磁珠固定肽-寡核苷酸,分離純化血清中HBV DNA。研究結果顯示oligo dT磁珠的靈敏度比常規方法的靈敏度高100倍,且核酸的完整好,實(shí)驗結果重復性高CV達到0.05%。
磁珠推薦
BeaverBeads? Oligo(dT)磁珠表面共價(jià)偶聯(lián) Oligo(dT),可高效地從真核生物總RNA或直接從動(dòng)植物組織或細胞裂解物中快速分離出完整、高純度的mRNA;也可固定poly(A)標記的核酸探針,用于目標序列核酸的捕獲
分離得到的mRNA和靶標核酸可用于多種分子生物學(xué)實(shí)驗:RT-PCR、固相cDNA 文庫構建、RACE、Northern等。
產(chǎn)品特點(diǎn):
a) 表面活性位點(diǎn)豐富,mRNA捕獲效率高
b) 表面特殊封閉,非特異性吸附低
c) 超順磁性微球,可配套自動(dòng)化設備實(shí)現高通量操作
d) 工業(yè)化規模生產(chǎn),批次穩定
圖4.oligo dT磁珠結構示意圖
mRNA純化數據:
樣本:人細胞Total RNA
上樣量:300ng Total RNA
磁珠用量:20-50uL
實(shí)驗結果:
靶標 | 磁珠 | Mean Ct |
GAPDH mRNA | 進(jìn)口品牌 | 22.56 |
BEAVER | 22.62 | |
18S rRNA | 進(jìn)口品牌 | 26.06 |
BEAVER | 26.19 |
實(shí)驗操作過(guò)程中,BeaverBeads Oligo (dT)磁珠的懸浮性與進(jìn)口品牌相當。從人細胞total RNA樣本中純化mRNA,采用熒光定量PCR對樣本進(jìn)行定量檢測,對mRNA(特異性)和sRNA(非特異性)檢測的Ct值偏差<0.1,兩品牌磁珠無(wú)明顯差異。
產(chǎn)品名稱(chēng) | 貨號 | 規格 | 載量 | 應用給推薦 |
BeaverBeads? Oligo(dT) | 70431 | 1μm,5mg/mL | >2μg mRNA/mg磁珠 | mRNA捕獲、mRNA疫苗加尾分布檢測 核酸探針捕獲 |
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