病原微生物檢測 | 納米磁珠助力mNGS
mNGS技術(shù)直接針對標本中核酸無(wú)偏倚檢測病原微生物序列,提取的核酸及構建文庫的質(zhì)量是mNGS數據準確的關(guān)鍵要素。
01 兒童不明肝炎重癥率達到10%
2022年4月以來(lái),世衛組織(WHO)5個(gè)區域的33個(gè)國家向世衛組織報告了650例病因不明的兒童急性肝炎疑似病例,其中至少38例兒童需要進(jìn)行移植,已向世衛組織報告了9例死亡(媒體公開(kāi)信息報道)。不斷增長(cháng)的不明原因兒童肝炎病例數,時(shí)刻牽動(dòng)著(zhù)大家的心。目前,病因尚無(wú)定論,但在致病原因調查中,腺病毒和新冠病毒被認為有很大嫌疑。
02 mNGS是不明病原微生物分析重要手段
2022年4月23日WHO發(fā)布了針對不明原因兒童急性嚴重肝炎的診斷建議,但并無(wú)具體診斷和治療方案意見(jiàn)。我國雖然尚無(wú)相關(guān)病例報告,國家重大公共衛生事件醫學(xué)中心組織相關(guān)專(zhuān)家,根據已有的相關(guān)臨床和實(shí)驗室數據及新近國際兒童急性肝衰竭的處置流程或指南,編制了“不明原因兒童嚴重急性肝炎診斷和治療專(zhuān)家建議”。 經(jīng)普通臨床檢測仍無(wú)法明確診斷者,需要針對患者的血液、呼吸道分泌物、糞便、體液、肝穿組織等樣本進(jìn)行病原宏基因組二代測序(metagenomicnext generation sequencing,mNGS)。
mNGS技術(shù)直接針對標本中核酸無(wú)偏倚檢測病原微生物序列,提取的核酸及構建文庫的質(zhì)量是mNGS數據準確的關(guān)鍵要素。mNGS檢測流程基本包括標本采集、核酸提取、文庫制備、上機測序、數據庫比對、報告生成及結果解讀等一系列過(guò)程(圖1)。其中,核酸提取、PCR產(chǎn)物純化、片段篩選過(guò)程都可以使用納米磁珠實(shí)現高通量、快速和精準操作。
圖1.mNGS檢測流程圖
03 樣本處理是mNGS的關(guān)鍵步驟
mNGS檢測具有獨特的性質(zhì):a)可檢測任意微生物,發(fā)現新的病原微生物; b)客觀(guān)檢測,不依賴(lài)假設;c)靈敏度極高,可定量檢測核酸; d)可檢測基因組的任一部分。因此,mNGS上機測序的核酸樣本非常關(guān)鍵,確保無(wú)外源核酸的污染。
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撰稿人:王艷芝 | 修訂:彭穎靜